Seeger bleef strijdbaar, en was eind jaren zestig één van de eersten die aandacht begonnen te vragen voor het milieu. Al in 1969 begon hij het Clearwater-project, bedoeld om de rivier de Hudson weer schoon te krijgen.
Tribute
In 2005 was hij, 86 jaar oud, nog steeds actief bij dat project betrokken. Op 25 april 2006 bracht Bruce Springsteen een tribute aan Seeger uit, getiteld We Shall overcome: The Seeger Sessions. De twee treden samen op voor Barack Obama, aan de vooravond van zijn inauguratie.